掃海艇の艇内編成を示すため、ここでは海上自衛隊の掃海艇を例に示す。 海上自衛隊の掃海艇の艇内の編成は、「自衛艦の艦内の編制等に関する訓令」（昭和47年海上自衛隊訓令第17号）及び「自衛艦の艦内の編制等の細部に関する達」（昭和47年海上自衛隊達第32号）により、次の通りとなっている。幹部自衛官は、艇長・船務長・掃海長・処分士（水中処分員が乗り組んでいる艇に限る。）・機関長の5名が配属される。補給長は船務長（誰が兼務しても良い）が兼務しているのが、一般的であり、専門的業務は隊司令部に所属している隊補給が行っている。船体消磁については、電機員が担当しており、この関係で船務長ではなく機関科（長）が担当している。また、潜水は処分士が総括しており、処分士は掃海科に配置されている。このように下記の訓令などとは、かなりの相違があることに注意されたい。
美優の一日同行
睦美の日記
優花のお嫁さん
陽生の完全無欠
玲音の独り暮らし
21世紀へ羽ばたけ
アドベンチャー
イエローパワー
エリートバナナ
オバケのＱ太郎
艇長
三等海佐又は一等海尉。指揮系統に従い、上級指揮官の指揮監督を受け、艦務又は艇務を統括する。
船務科
情報、電測、通信、暗号、船体消磁、航行、信号、見張、操舵及び気象に関することを所掌する。
掃海科
掃海、敷設、水中処分、射撃、照射、運用、発射及び水測に関することを所掌する。
機関科
主機関、補機、電気、応急、工作及び潜水に関することを所掌する。
補給科
経費、物品の取扱い、給食、福利厚生、庶務、文書及び人事事務に関することを所掌する。