一方で、地域猫を迫害するケースも発生している。
本来、地域猫に対する苦情は、管理者と協議の上で、それらに対する方策を検討し、敷地内に入って来て欲しくない人は、管理側の助けを得て、地域猫が入ってこないようにしつけを行ったり、侵入防止用の対策を行う。
しかしこの管理者への相談を行わずに、独自に敷地内に罠を仕掛けたり虐待しているケースがあるとされ、関係者の敷地内に虐待を受けたと思われる猫の死骸が投げ込まれる等の事件も発生している。地域猫活動では先駆とされる磯子区でも2001年頃より、毒殺されたものや、禁止猟具（トラバサミ等）で負傷と思われる、足を怪我した個体が保護されたとする報告が度々挙がっている。
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同種の殺傷・毒殺を含む動物虐待事件に関しては、地域猫活動とは別の問題ではあるが、これら動物虐待事件では、地域住民の安全や治安に対する不安や事件（及び犯人）に対する不快感も発生する。管理対象となっている猫の負傷ないし死亡は管理者への連絡も必要であるが、動物虐待事件の場合では犯罪であることから警察への通報も必要となる。
なお動物虐待か否かに関しては、その程度問題と受け取る側の主観的な部分もあるが、概ね過去の動物虐待事件判例などでは殺害ないし負傷させることが問題とされるため、個体が怪我をしない程度の追い出し方に関しては特に事件とされた例はみられない。